2013年12月16日起，阳朔县正式启用了阳朔汽车客运站石马南分站和大村门北分站。与此同时，原位于阳朔公园对面的原阳朔汽车客运站发车点已取消，但此处仍设售票点，便于购票。
因此，阳朔汽车站已不再位于市区。出行前，一定要注意根据旅行方向选择正确的乘车点。开往桂林、杨堤、遇龙河等景点及向北的线路均停在汽车北站；而向南开的线路，或从黄姚、兴坪等景点返回的大巴都会停在南站附近。
有时好心的返程司机会提醒游客提前下车，步行前往西街，否则无论至南站或北站，均需乘当地三轮车或两轮摩托前往。南站与北站之间可乘5路车互达（车费1元/人）。
阳朔汽车客运站石马南分站
从阳朔县城往南发往广东省、梧州市、南宁市、柳州市、贺州市、兴坪镇、高田镇、福利镇、普益乡等地的客运班线（含旅游专线）车辆统一在此进站发班。
地址：阳朔县农业机械化管理局大院内
到达交通：可免费搭乘原阳朔汽车客运站至石马南分站的往返临时公交车
阳朔汽车客运站大村门北分站
从县城往北方向发往桂林市、白沙镇、葡萄镇、金宝乡、杨堤乡等处的客运班线（含旅游专线）则统一在此进站发班。
地址：阳朔县大村门县政务服务中心旁水产批发市场处
到达交通：可免费搭乘原阳朔汽车客运站至大村门北分站的往返临时公交车