雅鲁藏布江流域下游地区高温多雨，巴昔卡附近年均降水量超过4000毫米，个别地区可达5000毫米以上，是中国年降水量最大的地区之一。溯河而上，降水逐渐减少。广大中游地区属高原温带气候，年降水量多在300～600毫米，上游地区谷地年降水量不足300毫米。全流域降水的年际变化小，而年内分配很不均匀，7～9月份的降水量集中了全年的50～80％。全流域最高月均温多出现在6月，下游地区则多出现在7月；最低月均温往往出现在1月。 

最佳徒步时间：6月初～10月中旬是全年能徒步雅鲁藏布江大峡谷的时间。10月以后由于大雪，墨脱会封山至来年6月，不能进出，8～9月是雅鲁藏布江漂流的最佳时间，10月是进入墨脱的最好季节，此时蚂蝗和蛇类较少，雨季也刚刚结束。