离三清山最近的火车站是玉山火车站，位于江西省玉山县冰溪镇，共有四十几趟列车经过。玉山火车站离杭州站354公里，离南昌站290公里，离福州站460公里，离上海站557公里，离株洲站598公里，离武汉站649公里，隶属南昌铁路局管辖，现为三等火车站，也是浙赣铁路线上重要的枢纽火车站。

到达玉山火车站后，有中巴直达三清山，从6:00-16:00都有车，票价15元（可以尝试把价格还到10元），路程47公里，路面为柏油和水泥路面，路况良好。在玉山汽车站也有班车，约1小时一班。但随意性大，人不满不开，沿路揽客，往往在路口还要停上10分钟。玉山市内最常见的交通方式是人力三轮车，近路如从火车站到汽车站只要1元。请备好零钱，以免车夫借口没零钱不找零。

建议直接在火车站乘中巴： 
玉山——外双溪（三清山南部），每40分钟一班中巴。 
玉山——金沙（三清山东部），每天两班中巴。

另外，游客还可以坐火车到上饶再转车，上饶火车站来往车辆较多，上海和昆明、九江、长沙、南昌、福州、厦门之间，广州和南京、宁波之间，厦门和北京之间的列车都经停上饶。而且广州、鹰潭、南昌还有列车直达上饶。 从上饶到三清山车次相对于玉山要少，但游客乘火车至上饶方便。

上饶——三清山：
 一种是去三清山南部（南部索道），一天有两趟上午7：30和下午13：30，遇到夏季多开两趟：6：30和中午12：30，从三清山南部返回上饶乘车时间：上午9：00、10：00和下午15：30、16：30。 
一种是去三清山东部（东部索道）只有一趟，是下午17：10，是上饶—玉山—婺源的。
另一种是从上饶体育中心转车到玉山，有走高速大巴（整点开，间隔1小时），只需45分钟，还有走320国道的中巴，比较慢，要1个小时才能到。到玉山转车至三清山即可。