台湾海上交通发达，基隆、高雄、花莲为客轮主要停靠的国际港，台湾和各离岛及金门、马祖之间交通以飞机为主，客轮为辅。
台湾的国际海运目前仅有基隆至琉球间的定时游轮行驶。
目前，福建的福州、厦门、泉州等地每日均有定期航班直达金门与马祖，即以前常说的“小三通”，到达金门与马祖后，可以再搭飞机至台湾其他地方。另外，从福州有直达高雄的定期轮船，虽然价格会便宜很多，但容易晕船的同学可不要轻易尝试哦。