火车在这是最便宜的交通方式，目前已经开通了乌鲁木齐开往和田的列车，沿途停靠吐鲁番、和静、焉耆、库尔勒、库车、新和、阿克苏、巴楚、喀什、疏勒、阿克陶、英吉沙、莎车、叶城、皮山、墨玉。不过火车普遍比较慢，选择这种交通方式需要考虑到时间成本。
南疆主要火车站
喀什火车站
喀什火车站位于喀什城东，距离市区约6km，每天都有往来于乌鲁木齐的火车。
车次
发车时间
到站时间
历时
硬座（元）
硬卧下（元）
K9786/K9787
乌鲁木齐——喀什
9:43
（次日）11:00
25小时17分
189.5
343.5
K9788/K9785
喀什——乌鲁木齐
13:34
（次日）15:15
25小时41分
189.5
343.5
7556/7557
乌鲁木齐——喀什
11:51
（次日）19:50
31小时59分
76.5
182.5
7558/7555
喀什——乌鲁木齐
8:24
（次日）17:06
32小时42分
76.5
182.5
5826/5827
乌鲁木齐——喀什
8:38
（次日）9:46
24小时48分
91.5
197.5
5828/5825
喀什——乌鲁木齐
18:48
（次日）22:22
27小时49分
91.5
197.5
地址：喀什市天山东路
联系方式：0998-5637222
到达交通：从市区打车前往需10元，或者在市区人民广场乘坐28路公交车前往。（二级题）长途汽车
阿克苏火车站
阿克苏火车站，是南疆铁路线上的主要站点，发喀什方向的列车多在此停靠，从阿克苏出发，可到达阿图什、喀什、库车、轮台、库尔勒、吐鲁番、乌鲁木齐等地。此外，游客可在位于阿克苏市内西大街的地区艺术中心、步行街的铁通营业厅两处，购买阿克苏、库尔勒、乌鲁木齐的始发车票出行。
地址：阿克苏市交通路
联系方式：0997-6635222阿克苏火车站问询处
0997-2123109阿克苏铁路售票处(阿克苏市中山路12号)
到达交通：市内乘坐18路公交可到阿克苏火车站。
车次
发站
到站
历时
硬座
硬卧下
5826
乌鲁木齐8:38
阿克苏3:29
18:51
68.5
151.5
K9786
乌鲁木齐9:43
阿克苏4:57
19:14
141.5
261.5
K9766
乌鲁木齐11:00
阿克苏7:40
20:40
141.5
261.5
7556
乌鲁木齐11:51
阿克苏11:34
23:43
57.5
140.5
5806
乌鲁木齐22:04
阿克苏18:20
20:16
68.5
151.5
5828
阿克苏1:12
乌鲁木齐22:22
21:10
68.5
151.5
K9768
阿克苏12:22
乌鲁木齐11:15
22:53
141.5
261.5
5808
阿克苏14:48
乌鲁木齐12:05
21:17
68.5
151.5
7558
阿克苏15:26
乌鲁木齐17:06
25:40
57.5
140.5
K9788
阿克苏19:25
乌鲁木齐15:15
19:50
141.5
261.5
5827
阿克苏3:41
喀什9:26
5:45
33
77
K9787
阿克苏5:09
喀什11:00
5:51
69
130
7557
阿克苏11:46
喀什19:50
8:04
28
72
7558
喀什8:24
阿克苏15:16
6:52
28
72
K9788
喀什13:34
阿克苏19:11
5:37
69
130
5828
喀什18:48
阿克苏1:00
6:12
33
77
和田火车站
2010年底喀什——和田的铁路正式建成，2011年正式通车。目前乌鲁木齐与和田之间只有一趟列车在运营，进出和田也仅有这一趟列车。途经吐鲁番、库尔勒、阿克苏、喀什等地。
和田——乌鲁木齐，每天8:38发车、次日19:28抵达，用时34小时50分，硬卧下票价239元；乌鲁木齐——和田，每天9:30发车，次日22:22抵达，用时36小时52分，硬卧下票价239元。
地址：和田市拉斯奎镇阿克塔什村，和田市区西北5km处
联系方式：0903-2026726（机场问讯处），0903-2518080（机场售票处）
到达交通：从和田市乘坐10、11路汽车可到火车站，另外也可乘出租车去约10元
库尔勒火车站
库尔勒目前有两个火车站——北站、东站，北站是货运站，没有客运列车在此停靠。旅客乘火车都是在东站坐车。库尔勒是南疆门户，所有去南疆的火车都会经过库尔勒，每天火车班次还是比较多的。除此每天都有一班库尔勒与西安之间的列车开行。
地址：库尔勒市生活路
联系方式：0996-8642222
到达交通：公交101、 20、 26路均可到达
阿图什火车站
火车站位于阿图什市东部，停靠的全部是乌鲁木齐——喀什之间的过路车。每天有4趟车路过阿图什，2趟去喀什，2趟去乌鲁木齐。
车次
出发-到达
发时-到时
运行时间
参考票价
K9786/K9787
阿图什(过) - 喀什
10:31-11:00
29分
硬座 9 硬卧下 63
7556/7557
阿图什(过) - 喀什
19:18-19:50
32分
硬座 2 硬卧下 41
K9788/K9785
阿图什(过) - 乌鲁木齐
14:06-15:15
25小时9分
硬座 189.5 硬卧下 343.5
7558/7555
阿图什(过) - 乌鲁木齐
09:00-17:06
32小时6分
硬座 76.5 硬卧下 182.5