东京的地上地下线非常多，不仅在东京市内运行，也连接东京周边的城市及日本其他地区，线路多到基本能到任何你想去的地方；还有许多私营线路，大多开往东京郊区，具体发车信息、票价等可到各大车站询问。
新干线
最快的是由JR经营的新干线，以速度极快的子弹头列车闻名，安全稳定且准点，被称为全球最安全的高速铁路之一，是去往东京以外较远城市的理想交通工具。目前已运行的新干线有：东海道新干线、山阳新干线、东北新干线、上越新干线、长野新干线、九州新干线、秋田新干线、山形新干线，还有些正在修建中。

|来往城市|线路|时间|价格(日元)|PASS使用情况|
|--|--|--|--|--|
|京都|东海道新干线NOZOMI号、HIKARI号、KODAMA号|NOZOMI号2小时20分，HIKARI号为2小时40分左右，KODAMA为4小时左右|13080|乘坐KODAMA号和HIKARI号可以使用JR PASS，NOZOMI号不可|
|新大阪|东海道新干线NOZOMI号、HIKARI号、KODAMA号|NOZOMI号2小时30分钟左右，HIKARI号为2小时50分左右，KODAMA为4小时左右|13620|乘坐KODAMA号和HIKARI号可以使用JR PASS，NOZOMI号不可|
|镰仓|横须贺线|59分钟|920|可以使用JR PASS或JR东日本发行的关东/东日本PASS|
|名古屋|东海道新干线NOZOMI号、HIKARI号、KODAMA号|根据乘坐车辆不同1小时40分钟-2小时|10360|乘坐KODAMA号和HIKARI号可以使用JR PASS，NOZOMI号不可|
|新青森|JR东北新干线hayabusa号|3小时10分|17350|JR PASS或JR东日本PASS|