墨脱县属喜马拉雅山东侧亚热带湿润气候区。四季如春，雨量充沛，年均温16℃，1月均温8.4℃，7月22.6℃ ，年极端最低气温2℃，最高气温33.8℃，年降水量在2358毫米以上。南部最大降水可达5000毫米，年无霜期340 天，年日照时数2000 小时以下，年降水量为2000 毫米左右。

大峡谷地区地势险峻，进入位于“莲花圣地”腹心墨脱县的你将要面对的是喜马拉雅山脉东段及其余脉的崇山峻岭，所有的进山之路路经的山口都会在每年的11月下旬至来年6月期间被皑皑冰雪所覆盖，山路会被积雪的冰盖所掩埋，冰面间暗藏的冰裂缝、冰溶洞和骤然而至的暴风雪、低温等恶劣的气候条件还有迷路、滑坠等都将是你面临的危险。因此，在这样的季节里进大峡谷，夸张点儿说：想死得快的话，这是进大峡谷最好的季节。

这样说并不意味着在每年其余的季节里就可以无忧无虑地进入大峡谷和墨脱，得根据你选择进入的路线来具体分析。一般来讲在每年的10月份是进入墨脱的好季节，这个时候雨季已经结束，冬季还没到来，深秋时节山林里植物果实丰富，无论大小动物基本上“衣食无忧”，蛇类和那被炒作成“大峡谷第一猛虫”的蚂蟥也较雨季少了许多。当然不能排除在你进去的那年运气衰，恰好雨季延期或冬季提前到来！